Medigene AG heeft de webtool Expitope 3.0 gepresenteerd op de 20e jaarvergadering van de Association for Cancer Immunotherapy (CIMT), die plaatsvindt van 3 tot 5 mei 2023 in Mainz, Duitsland. De Expitope webtool komt voort uit een langdurige samenwerking tussen Medigene Immunotherapies GmbH en Prof. mitrij Frishman van de faculteit Bio-informatica en zijn onderzoeksteam van de Technische Universiteit München. Via deze gezamenlijke inspanning wordt diepgaande academische expertise in geavanceerde bio-informatica toegepast voor de in silico beoordeling van potentiële doelantigenen voor T celreceptor-gemanipuleerde T cel (TCR-T) therapieën voor de behandeling van solide kanker.

De webtool, nu gekoppeld aan kunstmatige intelligentie, put uit de enorme en voortdurend groeiende gegevens over het menselijk genoom en het proteoom van diverse tumoren en gezonde weefsels. Deze webtool stelt Medigene in staat om geavanceerde in silico technologieën toe te passen om efficiënt geselecteerde eiwitten en bijbehorende peptide epitopen te onderzoeken als geschikte targets voor gebruik in TCR-T therapieën voor geselecteerde kankerindicaties. De poster en mondelinge presentatie getiteld "Expitope 3.0 - An Advanced in silico Web tool Empowered with Machine Learning for Enhanced pHLA Epitope Prediction and Safety Assessment" laten de nieuwste, publiek beschikbare versie van Expitope 3.0 zien, een snellere en volledig herziene webtool, die in mei/juni 2023 wordt gelanceerd, om de doelpeptide HLA (pHLA) epitopen in antigenen te identificeren.

Door de pHLA-epitopexpressie in verschillende gezonde weefsels te vergelijken, kan potentiële kruisreactiviteit en off-targettoxiciteit worden voorspeld, waardoor veiligheidsrisico's tot een minimum worden beperkt. Gebruikers van Expitope 3.0 kunnen pHLA-epitopen identificeren die geschikte doelen zouden kunnen zijn voor TCR-isolatie en voorspelling van pHLA-bindingsaffiniteiten, evenals gerelateerde epitopen met maximaal 50% mismatch voor veiligheidsbeoordeling door beoordeling van hun expressiepatronen in gezonde weefsels. Expitope 3. 0 wordt geleverd met een bijgewerkte database, die bovendien screent op unieke sequenties op peptidoom-/transcriptoomniveau, waardoor het aantal gescreende epitopen toeneemt.

De webtool maakt gebruik van machine learning om de voorspelling van pHLA-epitopenbinding te verbeteren. Een verbeterde epitoopvoorspellingsfunctie biedt een hogere nauwkeurigheid bij het bepalen van proteasomale/immunoproteasomale splitsing en presentatie van epitopen. Samengevat maakt Expitope 3.0 een snellere analyse mogelijk met een bredere doorzoeking van databases en een hogere voorspellingsnauwkeurigheid van pHLA-epitopen in antigenen.

De verbeterde functies en mogelijkheden maken het een waardevol hulpmiddel voor onderzoekers en clinici die werken aan het identificeren van potentiële targets voor T-celtherapieën terwijl de veiligheidsrisico's tot een minimum worden beperkt. Expitope 3.0 is nu beschikbaar door de gezamenlijke samenwerking van het bedrijf met Prof. Frishman en zijn onderzoeksteam, zodat het bedrijf deze snellere en volledig herziene webtool met informatie in sterk uitgebreide vorm niet alleen kan screenen op unieke sequenties als potentieel doelwit voor T-celtherapieën, maar ook kenmerken van peptide-interacties met HLA-moleculen en hun veiligheidsprofielen in gezonde weefsels kan voorspellen. Het gebruik van dit geavanceerde hulpmiddel vergroot het inzicht in het veiligheidsprofiel dat nodig is voor het genereren van hooggedifferentieerde TCR-T-therapieën die kunnen voorzien in de onvervulde behoeften van patiënten met uiteenlopende vaste tumoren.