President Julius Maada Bio noemde het omvallen van de beroemde boom "een groot verlies voor de natie" toen mensenmassa's zich verzamelden om de verwoeste stam te bekijken.
De "Cotton Tree" was het belangrijkste herkenningspunt in het West-Afrikaanse land dat door bevrijde Amerikaanse slaven werd gesticht.
Men gelooft dat toen deze slaven eind 1700 per boot arriveerden, ze zich onder de takken verzamelden om te bidden voordat ze naar hun nieuwe thuis verhuisden.
"Het werd door de vroege kolonisten beschouwd als een symbool van vrijheid en vrijheid," schreef de president op Twitter.
"We zullen op dezelfde plek iets hebben dat getuigt van de plaats van de grote Cotton Tree in onze geschiedenis. Alle stemmen zullen hiervoor samengebracht worden."
De kapokboom stond midden op een rotonde in het centrum van Freetown, vlakbij het nationale museum en het kantoor van de president.
Voorbijganger Victor Tutu Rogers vertelde Reuters dat hij de boom woensdag rond 21:40 uur (2140 GMT) zag vallen.
"Het waaide, het regende hard. Ik rende om de katoenboom heen op weg van mijn werk, omdat ik bang was dat de takken zouden vallen," zei hij.
"Kort daarna was er een hevige bliksemschicht en hoorde ik een zware knal - het geluid van de boom die achter me omviel."
Donderdag waren de takken en het puin al opgeruimd, zodat er alleen nog een stronk overbleef.
"Als gemeente was het heel symbolisch, de plek waar we elk jaar in november onze dankzegging houden om te bidden en voor vele andere evenementen," zei Festus Kallay, hoofdadministrateur van de stad.
"De skyline van Freetown zal bijna niet meer hetzelfde zijn."
