De cheeta's werden in september en februari overgebracht naar het Kuno National Park in centraal India in de beginfase van een plan om de soort, die 70 jaar geleden uit het land verdween, nieuw leven in te blazen.
De sterfgevallen gaven aanleiding tot bezorgdheid over de inspanning die premier Narendra Modi heeft bepleit, maar die door sommige natuurbeschermers een "ijdelheidsproject" wordt genoemd, waarbij over het hoofd wordt gezien dat de Afrikaanse cheeta niet inheems is in Zuid-Azië.
De ondersoort lijkt op, maar verschilt van de ernstig bedreigde Aziatische cheeta, die nu alleen nog in Iran voorkomt.
De regering zei dat een zes jaar oud vrouwtjescheeta uit Namibië eind januari ziek werd en in maart stierf aan chronische nierinsufficiëntie.
Een volwassen mannetje van onbekende leeftijd uit Zuid-Afrika ontwikkelde eind april acute neuromusculaire symptomen en stierf, iets meer dan een week nadat hij vanuit zijn quarantainekamp was vrijgelaten in een groter acclimatiseringskamp.
"De andere cheeta's zijn nauwlettend gevolgd en geen van hen heeft soortgelijke symptomen vertoond," zei het ministerie van Milieu, Bosbouw en Klimaatverandering in een verklaring.
"Ze lijken allemaal kerngezond, jagen voor zichzelf en vertonen ander natuurlijk gedrag."
Het ministerie zei dat een team van deskundigen uit Zuid-Afrika en India het park in de deelstaat Madhya Pradesh op 30 april heeft bezocht en een rapport heeft ingediend over de verdere gang van zaken.
"Het is niet verrassend dat een project van deze omvang en complexiteit op veel uitdagingen stuit," aldus het ministerie. "Dit is de eerste intercontinentale herintroductie van een wilde, grote carnivoorsoort en daarom is er geen vergelijkbaar historisch precedent."
