Toolgen heeft aangekondigd dat het drie baanbrekende technieken heeft gerapporteerd in vooraanstaande wetenschappelijke tijdschriften. De eerste studie presenteert een nieuwe op cellen gebaseerde test genaamd TAgmentation of Prime Editor sequencing (TAPE-seq) die genoombrede off-target kandidaten voor prime editors (PE's) kan voorspellen. PE's zijn krachtige hulpmiddelen die preciezere genoombewerking mogelijk maken, maar tot nu toe waren methoden voor het voorspellen van off-target effecten afhankelijk van het analyseren van de activiteit van Cas9-nucleasen of nickases.

Toolgen's TAPE-seq is 's werelds eerste genoombrede off-target voorspellingsexperiment dat rechtstreeks gebruik maakt van PE's. TAPE-seq toont een lager misspercentage en een hogere nauwkeurigheid in vergelijking met bestaande methoden en kan geldige off-target sites identificeren die door andere methoden werden gemist. De resultaten werden in december 2022 gepubliceerd in Nature Communications.

De tweede studie presenteert een nieuwe genoombrede off-target voorspellingsmethode genaamd Extru-seq. Tot nu toe zijn er meer dan 20 genoombrede off-target voorspellingsmethoden voor CRISPR gerapporteerd, die werden geclassificeerd als celgebaseerd, in vitro of in silico. Er waren voor- en nadelen voor elke celgebaseerde of in vitro methode.

Extru-seq van Toolgen doorbrak de barrière tussen deze methoden door een extruder te gebruiken om een toestand tussen celgebaseerd en in vitro te genereren. Als gevolg hiervan combineert deze methode de gunstige eigenschappen van zowel celgebaseerde als in vitro methoden, met een hoog validatiepercentage en behoud van informatie over de intracellulaire omgeving, alsmede een laag misspercentage. Extru-seq kan gemakkelijk worden uitgevoerd in klinisch relevante celtypes met weinig optimalisatie.

De resultaten zijn gepubliceerd in Genome Biology van januari 2023. De derde studie ten slotte presenteert een verbeterde versie van een high-fidelity Cas9-nuclease genaamd Sniper2L, die een hogere specificiteit heeft met behoud van hoge activiteit. Er zijn verschillende gemuteerde Cas9's gerapporteerd, die beweren een verbeterde specificiteit te vertonen.

Latere studies hebben echter aangetoond dat er een omgekeerde correlatie bestaat tussen de algemene activiteit en de algemene specificiteit van deze gemuteerde Cas9-eiwitten, die als theoretische limieten werden gedefinieerd. Toolgen's Sniper2L heeft deze beperking overwonnen om hoge specificiteiten te laten zien zonder verlies van algemene activiteiten. Dit zet de octrooistrategieën van Toolgen op scherp, aangezien Toolgen nu zijn octrooi kan verlengen door zijn biobetere Sniper2L te gebruiken.

De resultaten zijn gepubliceerd in Nature Chemical Biology van maart 2023. De resultaten werden geselecteerd voor een mondelinge presentatie (Sniper2L) en twee posterpresentaties (Extru-seq en TAPE-seq) op de American Society of Gene & Cell Therapy (ASGCT) Conference die van 16 mei 2023 tot 20 mei 2023 in Los Angeles wordt gehouden.