Qiagen heeft de lancering aangekondigd van de Microbiome WGS SeqSets, een uitgebreide Sample to Insight workflow die is ontworpen om een gebruiksvriendelijke oplossing te bieden die de efficiëntie en reproduceerbaarheid in microbiome onderzoek maximaliseert. De workflow stroomlijnt de processtappen met betrekking tot monsterextractie en next-generation sequencing (NGS) bibliotheekvoorbereiding om het monster voor te bereiden op verwerking in een NGS-sequencer, gevolgd door gebruiksvriendelijke bio-informatica-analyse, ontworpen voor onderzoekers zonder expertise op dit gebied. Het microbioomonderzoek, dat de laatste jaren aan belang heeft gewonnen, onderzoekt de relaties tussen micro-organismen zoals bacteriën, schimmels en virussen en hun gastheren.

Het doel is om hun invloed op gezondheid, ziekten en ecologische processen beter te begrijpen en zo nieuwe diagnostische en therapeutische strategieën te ontwikkelen. De QIAamp PowerFecal Pro WGS SeqSets en de DNeasy PowerSoil Pro WGS SeqSets bieden uniforme oplossingen voor darm- en bodemmonsters. De workflow begint met DNA-extractie met behulp van de DNeasy PowerSoil Pro of QIAamp PowerFecal Pro DNA-kits, die efficiënt hoge DNA-opbrengsten isoleren en een grotere bacteriële diversiteit identificeren dan andere commerciële kits.

Na de extractie stroomlijnt de QIAseq Normalizer Kit de normalisatie van de bibliotheek, waardoor eenvoudig poolen voor high-throughput sequencing mogelijk wordt. De QIAseq FX DNA Library Kit maakt een snelle NGS-bibliotheekbereiding van 2,5 uur mogelijk voor metagenomische analyse van het hele genoom, waarbij sequencingbibliotheken met minimale bias worden gemaakt door enzymatische fragmentatie en adapterligatie. Tot slot wordt de bioinformatica-analyse uitgevoerd met behulp van de Microbial Analysis Portal, een intuïtief webgebaseerd platform.

Het maakt taxonomische identificatie van microben mogelijk, biedt een gedetailleerde uitsplitsing van microbiële soorten en ondersteunt antimicrobiële resistentieanalyse (AMR) voor het identificeren van antibiotica-resistentiegenen. Gebruikers kunnen eenvoudig en snel gegevens en figuren genereren die klaar zijn voor publicatie. De SeqSets zijn ontworpen voor diverse microbiome onderzoekstoepassingen, waaronder studies naar darmgezondheid, bodemmicrobiologie, antibioticaresistentie en vele andere.

De nieuwe workflow breidt het groeiende portfolio van QIAGEN microbiome oplossingen verder uit. In de geest van Sample to Insight omvat het uitgebreide portfolio tools voor elk aspect van de wetenschappelijke workflow, inclusief betrouwbare kits voor monstervoorbereiding die geoptimaliseerd zijn voor het onderzoeken van uitdagende monsters van omgevingsmicrobiomen en humane microbiomen. Om de reproduceerbaarheid te garanderen, biedt QIAGEN automatisering van monstervoorbereiding voor standaardisatie en betrouwbaarheid.

Het uitgebreide assortiment microbiome oplossingen omvat ook downstream verwerkingstechnologieën zoals NGS, digitale PCR (dPCR) of kwantitatieve PCR (qPCR), allemaal aangevuld met robuuste bio-informatica tools voor naadloze digitale analyse.