Bruker Corporation kondigde belangrijke bioinformatica lanceringen aan voor 4D-Proteomics op het timsTOF platform: Een nieuw de novo sequencing algoritme werd ontwikkeld in samenwerking met Rapid Novor Inc., met behulp van meer dan 1,7 miljoen PASEF datapunten om de nauwkeurigheid en snelheid voor immunopeptidomics in real-time te verbeteren. De ongeëvenaarde gevoeligheid van het timsTOF SCP-systeem in combinatie met het nieuwe PaSER Novor-algoritme levert een aanzienlijke prestatieverbetering op voor immunopeptidomics, met name voor kleine tumorbiopsiemonsters. Met PaSER Novor lanceert Bruker geavanceerde mogelijkheden voor immunopeptidomics.

Immunopeptide Sequencing: Immunopeptide Sequencing. Immunopeptidomics vereist de sequencing van peptiden die niet proteolytisch van aard zijn uit kleine tumorbiopsiemonsters op het timsTOF SCP ultrahoge gevoeligheidsplatform. De zoekruimte voor proteomics database algoritmen kan te groot worden voor nauwkeurige zoekopdrachten, wat resulteert in lage reproduceerbaarheid en lange zoektijden.

PaSER Novor levert de peptidevolgorde uit fragment-ion spectra de novo na training met meer dan 1,7 miljoen timsTOF-datapunten voor realtime resultaten met behulp van het GPU-gebaseerde Bruker PaSER proteomics softwareplatform. B. TIMS-DIA-NN 2.0 maakt bibliotheekvrije dia-PASEF mogelijk: TIMS DIA-NN is een CCS-gerichte versie van DIA-NN met aanzienlijke verbeteringen. TIMS DIA-NN 2.0 kan nu dia-PASEF-gegevens verwerken in een bibliotheekvrije aanpak met een verder verbeterde kwantificatienauwkeurigheid dankzij nieuwe mogelijkheden voor machinaal leren.

Door de samenwerking van Bruker met Prof. Andrew Webb van WEHI, medeoprichter van Mass Dynamics Pty Ltd., een softwarebedrijf in Australië, heeft Tims-NN 2.0 een verbeterde kwantificatienauwkeurigheid. - een softwarebedrijf in Australië, kan timsTOF 4D-Proteomics nu gebruik maken van Mass Dynamics statistische analyses, interactieve en intuïtieve visualisaties voor kennisextractie in proteomics. Naast lijsten van eiwitgroepen, vulkaanplots, eiwit-eiwit interacties, PCA-plots en een groot aantal andere visualisaties vergemakkelijken biologische en ziekte-inzichten.