Bruker Corporation heeft vooruitgang aangekondigd in immunopeptidomics, glycoproteomics en andere CCS-gebaseerde 4D-proteomics workflows. De snelle vooruitgang in diepe proteomics-, glycomics- en peptidomics-onderzoeksoplossingen op schaal is een aanvulling op andere toonaangevende life-science tools van Bruker voor het post-genomische tijdperk. Samen maken ze post-genomisch moleculair en celbiologisch onderzoek mogelijk, met belangrijke inzichten in ziektebiologie en biomarkers voor next-gen moleculaire diagnostiek en het ontdekken van medicijnen.

De vooruitgang die op de US HUPO te zien was, omvat verbeterde machinaal lerende de novo-sequencing (Novor V2.0), een nieuwe digitale-twin-software voor het monitoren van hoge prestaties (TwinScape), de nieuwe glyco-PASEF-methode voor zeer gevoelige glycopeptide-analyse, en toegang tot Spectronaut 18 voor gebruikers van BrukerProteoScape, een GPU-aangedreven software voor real-time 4D proteomics, nu met toegang tot bibliotheekvrije zoekopdrachten door Biognosys directDIA. A. Onderzoek naar immunotherapie bij kanker bevorderen: Bruker verbetert zijn timsTOF HT en timsTOF Ultra systemen met de nieuwe software Novor v2.0 voor de novo immunopeptidomische profilering. Novor v2.0, ontwikkeld in samenwerking met Rapid Novor Inc., werd getraind op >1.400.000 spectra die overeenkomen met >150.000 HLA-peptiden voor onderzoek op kleine hoeveelheden patiëntenmateriaal afkomstig van fijne naaldbiopsies.

B. Piek timsTOF-prestaties met TwinScape: TwinScape is een nieuwe digitale-twin prestatiecontrole- en kwaliteitscontrole-engine, die gebruik maakt van iRT peptidenstandaarden om aanhoudende piekprestaties te ondersteunen bij sample prep en LC-MS. Voor synergetische multi-omics studies in het post-genomische tijdperk is een combinatie van dekkingsdiepte, robuustheid en schaalbare kwantificering vereist. TwinScape maakt grotere gecontroleerde studies en geldige vergelijkbaarheid tussen laboratoria mogelijk. C. Nieuwe glyco-PASEF voor ultragevoelige 4D-Glycopeptide analyse: Bruker presenteert de nieuwe timsTOF glyco-PASEF methode met polygoonfiltering ontwikkeld met de Heck Groep aan de Universiteit Utrecht, de GlycoScape software ontwikkeld in samenwerking met de Van Gool Groep aan de Radboud Universiteit, en MSFragger-Glyco software ontwikkeld door de Nesvizhskii Groep aan de Universiteit van Michigan.

D. Softwareontwikkelingen voor dia-PASEF: De nieuwste versie van Bruker ProteoScape maakt een Spectronaut 18-module beschikbaar voor dia-PASEF-analyse, waardoor realtime resultaten mogelijk zijn met behulp van GPU-computing, inclusief directDIA voor zoeken zonder bibliotheek. Bruker ProteoScape upgrade nu ook TIMS DIA-NN software naar versie 3.0 met verbeterde kwantificatienauwkeurigheid.