Het Russische ministerie van Justitie streeft naar de liquidatie van de Russische tak van het Joodse Agentschap zonder winstoogmerk, dat Joden helpt naar Israël te verhuizen.
De autoriteiten hebben beweerd dat het agentschap de privacywetten heeft overtreden, en zullen naar verwachting donderdag meer details presenteren voor een Russische rechtbank.
"Het is niet nodig om deze situatie te politiseren en te projecteren op het hele scala van Russisch-Israëlische betrekkingen," zei Kremlin-woordvoerder Dmitry Peskov.
"Het is nodig om hier voorzichtig te werk te gaan, maar ook om te beseffen dat alle organisaties zich aan de Russische wet moeten houden."
De zaak heeft in Israël de bezorgdheid aangewakkerd over een crisis met Rusland, dat een grote Joodse gemeenschap herbergt en invloed uitoefent in het buurland Syrië.
Dinsdag maakte Israël bekend wat het beschouwde als een "eenmalige" beschieting door Russische strijdkrachten van zijn oorlogsvliegtuigen in mei, toen deze vermoedelijk Iraanse doelen in Syrië troffen.
Peskov en de woordvoerster van het Russische Ministerie van Buitenlandse Zaken, Maria Zacharova, leken er beiden op gebrand om eventuele diplomatieke repercussies van de zaak van het Joodse Agentschap tot een minimum te beperken.
Maar Zacharova klaagde in een commentaar voor de Russische TV over Israëls veroordelingen van de invasie in Oekraïne. In mei heeft Israël de Russische ambassadeur ontboden wegens opmerkingen van de Russische minister van Buitenlandse Zaken Sergej Lavrov over Adolf Hitler.
"Helaas hebben wij de laatste maanden, op het niveau van verklaringen, volstrekt onconstructieve en vooral partijdige retoriek uit Tel Aviv gehoord. Het is voor ons volkomen onbegrijpelijk en vreemd geweest," zei Zakharova.
De Israëlische premier Yair Lapid heeft gezegd dat een sluiting van de vestiging van het agentschap "ernstig zou zijn, met vertakkingen voor de (bilaterale) betrekkingen".
Dinsdag zei het bureau van Lapid dat hij en de Russische president Vladimir Poetin "schriftelijke groeten" hadden uitgewisseld. Het kantoor gaf niet onmiddellijk meer uitleg over die correspondentie.
Lapid heeft een team van Israëlische juristen stand-by gezet om uit te vliegen om de kwestie van het Joods Agentschap op te lossen - zodra Moskou ermee instemt hen toe te laten. Maar op dinsdagmiddag waren zij nog niet vertrokken.
"Wij zullen deze zaak via het diplomatieke kanaal oplossen, ook als zij niet gaan," zei de Israëlische minister van Immigratie Pnina Tamano-Shata tegen Ynet TV.
Ongeveer 600.000 Russen komen in aanmerking om naar Israël te emigreren. Tamano-Shata zei dat er een stijging was van het aantal aanvragen sinds de zaak tegen het Joods Agentschap, dat in Jeruzalem is gevestigd en de grootste Joodse non-profit organisatie ter wereld is.
Op een Israëlische conferentie bevestigde minister van Defensie Benny Gantz een tv-bericht dat op 13 mei een Russische S-300 luchtafweerbatterij in Syrië op Israëlische jets had gevuurd, zonder er een te raken.
"Het was een eenmalig incident," zei hij.
De coördinatie van Israël met Rusland over Syrië is "een situatie die op dit moment stabiel is, denk ik", voegde Gantz eraan toe. "Maar wij bekijken dit verhaal steeds opnieuw, alsof we er nu pas mee begonnen zijn."
