De kustwacht hoorde omstreeks 13.15 uur (0415 GMT) van de bemanning van de "Kazu I" dat er water in het vaartuig stroomde, zei de ambtenaar. De boot was op een sightseeing cruise geweest rond het Shiretoko schiereiland, dat beroemd is om zijn wilde dieren en dramatische kustlijn.
Men hoorde het laatst van het schip rond 15.00 uur, toen het contact opnam met zijn exploitatiemaatschappij om te zeggen dat het onder een hoek van 30 graden kielde, meldde persbureau Kyodo. De bemanning zei dat de opvarenden reddingsvesten droegen, zei de openbare omroep NHK.
Er waren 24 passagiers waaronder twee kinderen aan boord en twee bemanningsleden, zei de ambtenaar.
Niemand beantwoordde oproepen naar het kantoor van het bedrijf dat de sightseeing tours van de Kazu I uitvoert.
De kustwacht had vijf patrouilleboten en twee vliegtuigen gezonden en was zaterdag laat nog aan het zoeken, zei de ambtenaar.
De autoriteiten hadden de Japanse zelfverdedigingstroepen om hulp gevraagd, zeiden de media, terwijl premier Fumio Kishida instructies had gegeven om alle beschikbare middelen bij het zoeken te gebruiken, zei Kyodo, die een persoon aanhaalde die met de zaak vertrouwd was.
Kishida zal zijn bezoek aan de zuidelijke prefectuur Kumamoto, waar hij de Asia-Pacific Water Summit bijwoonde, afbreken en naar Tokio terugkeren vanwege de kwestie, zei Kyodo.
De regering heeft ook een task force opgericht om de kwestie aan te pakken.
De boot zou in de buurt van de Kashinu-watervallen zijn geweest, een populaire bezienswaardigheid vanwege zijn natuurlijke schoonheid, toen het in moeilijkheden kwam.
Het schip biedt plaats aan 65 personen en rondvaarten in de omgeving van Shiretoko duren gewoonlijk ongeveer drie uur, volgens de website van het reisbureau.
Het vertrok zaterdag rond 10 uur uit de haven van Utoro en zou naar verwachting tegen 13 uur terugkeren, zei NHK. De golven waren hoog geweest en de vissersboten in het gebied waren halverwege de ochtend naar de haven teruggekeerd.
