De dieren zijn al een maand aan boord van het schip, wat heeft geleid tot verontwaardiging van dierenrechtenactivisten die hun behandeling hebben vergeleken met marteling.
De MV Bahijah voer op 5 januari van Australië naar Israël, maar zag af van een doortocht door de Rode Zee vanwege een dreigende aanval van de Jemenitische Houthi-militie en kreeg van de Australische regering het bevel om naar huis te gaan.
Het schip ligt al een week voor de kust van West-Australië te wachten tot de regering beslist of het terug naar zee mag.
Enkele honderden runderen werden de afgelopen dagen van boord gehaald, maar de bioveiligheidsregels van Australië betekenen dat alle dieren die van boord gaan in quarantaine moeten.
Het ministerie van Landbouw zei dat het er niet van overtuigd was dat de aanvraag van de exporteur voldeed aan de Australische of Israëlische wettelijke vereisten of dat het vervoer van de dieren hun gezondheid en welzijn zou garanderen.
Het gaf geen verdere details over de beslissing, maar zei dat de dieren nog steeds in goede gezondheid verkeerden.
"De volgende stappen voor het vee aan boord van het schip zijn commerciële beslissingen die de exporteur moet nemen," zei het ministerie. "Het departement (ministerie) staat klaar om elke toekomstige aanvraag te beoordelen."
Australië is een grote exporteur van levende dieren en heeft vorig jaar meer dan een half miljoen schapen en een half miljoen runderen verscheept. De regering is van plan om de export van levende schapen de komende jaren te verbieden.
Een ander veeschip met ongeveer 60.000 dieren aan boord vertrok vorige week uit Australië naar de Jordaanse haven Aqaba aan de Rode Zee.
Reuters kon geen contact opnemen met Bassem Dabbah, de exporteur van de dieren op de Bahijah. De manager van het schip, Korkyra Shipping, reageerde niet op verzoeken om commentaar. (Verslag door Peter Hobson, redactie door Ed Osmond)
