Het bureau van premier Mohamed Hussein Roble zei dat de vertegenwoordiger van de Afrikaanse Unie, Francisco Madeira, binnen 48 uur moet vertrekken.
Het bureau van de premier zei dat het bevel kwam omdat Madeira "handelingen verrichtte die onverenigbaar waren met zijn status."
Maar gaf geen details over wat Madeira had gedaan.
Het bureau van president Mohamed Abdullahi Mohamed zei in een bericht op Twitter dat het bevel van Roble een "onwettig en roekeloos besluit van een onbevoegd bureau" was.
Het zei dat het geen enkele "illegale actie tegen Madeira" goedkeurde.
En voegde eraan toe dat het de hoeder van de soevereiniteit van Somalië was.
Het uitzettingsbevel lijkt een politiek geschil tussen Roble en Mohamed te zullen verergeren.
De twee hebben een langlopend geschil.
In december jongstleden probeerde Mohamed de bevoegdheden van Roble op te schorten wegens vermeende corruptie - iets wat Roble als een poging tot staatsgreep afwees.
En onlangs stonden de parlementsverkiezingen in Somalië, die voor deze maand gepland zijn, in het middelpunt van hun rivaliteit.
De jongste scheuring heeft de vrees doen ontstaan dat zij de aandacht zal afleiden van een campagne tegen de militante groepering Al Shabaab.
De vredestroepen van de Afrikaanse Unie helpen de regering in de strijd tegen al Shabaab.
Madeira, die uit Mozambique komt, was niet onmiddellijk bereikbaar voor commentaar.
