Volgens een aanklachtendossier dat Reuters heeft gezien, hangt Kayishema vijf aanklachten boven het hoofd in Zuid-Afrika, waaronder twee aanklachten van fraude.

De aanklachten wegens fraude hebben betrekking op aanvragen voor asiel en de vluchtelingenstatus in Zuid-Afrika, waarbij de National Prosecuting Authority (NPA) beweert dat hij zijn nationaliteit als Burundese heeft opgegeven en een valse naam heeft gebruikt.

Kayishema werd niet gevraagd om te pleiten bij het Cape Town Magistrates' Court, dat de zaak verdaagde naar 2 juni.

Toen hij uit de beklaagdenbank werd gehaald, vroeg een journalist aan Kayishema of hij iets te zeggen had tegen de slachtoffers van de genocide van 1994, waarop hij antwoordde: "Wat ik kan zeggen? Het spijt ons te horen wat er is gebeurd," en hij voegde eraan toe dat hij geen enkele rol heeft gespeeld tijdens het geweld.

Kayishema was al twee decennia op de vlucht en werd woensdag onder een valse naam gearresteerd op een druivenboerderij in Paarl, zo'n 59 km van Kaapstad.

Hij was voortvluchtig sinds 2001, toen het Internationaal Tribunaal voor Rwanda hem aanklaagde voor genocide vanwege zijn vermeende rol in de vernieling van de katholieke kerk Nyange in de prefectuur Kibuye.

Naar schatting 800.000 etnische Tutsi's en gematigde Hutu's werden vermoord tijdens de genocide in Rwanda, georkestreerd door een extremistisch Hutu-regime en nauwgezet uitgevoerd door lokale functionarissen en gewone burgers in de rigide hiërarchische samenleving.

Kayishema staat op de lijst van gezochte personen van het Amerikaanse Ministerie van Buitenlandse Zaken in het kader van het Beloningen voor Rechtvaardigheidsprogramma, met een beloning van $5 miljoen voor zijn arrestatie.

Kayishema werd vrijdag in de rechtszaal vertegenwoordigd door een advocaat en stemde ermee in dat de rechtszaak in het Engels en zonder vertaler gevoerd zou worden.

Er was veel politie aanwezig in de rechtszaal, met gemaskerde politieagenten die automatische wapens en kogelvrije vesten droegen.

Kayishema droeg een blauw regenjack, een zwarte broek en zwarte leren laarzen. Hij was gladgeschoren en droeg een bijbel en een blauw boek met op de omslag "Jesus First".

Kayishema wordt vastgehouden in de Pollsmoor gevangenis in Kaapstad in afwachting van zijn mogelijke uitlevering aan Rwanda.