Het ministerie zei dat een Oekraïense zeemacht van meer dan 250 manschappen vrijdag rond 23.00 uur plaatselijke tijd (2000 GMT) geprobeerd heeft te landen op de kust van een meer in de buurt van de kerncentrale van Zaporizja in het zuiden van Oekraïne.
"Ondanks de aanwezigheid van vertegenwoordigers van de Internationale Organisatie voor Atoomenergie (IAEA) bij de kerncentrale van Zaporizja, heeft het regime in Kiev opnieuw geprobeerd de centrale in beslag te nemen," zei het ministerie van defensie.
Rusland zei dat zijn strijdkrachten de aanval verijdelden met aanvallen van militaire helikopters en straaljagers, waardoor 20 Oekraïense schepen werden vernietigd en andere zich verspreidden en de aanval afbliezen.
Reuters was niet in staat het rapport te verifiëren.
Kiev en Moskou hebben de laatste maanden beschuldigingen uitgewisseld over aanvallen op de centrale, Europa's grootste kernenergiecentrale.
De centrale werd in maart door Russische troepen veroverd, maar is verbonden met het Oekraïense elektriciteitsnet en wordt nog steeds door Oekraïens personeel bediend.
De IAEA heeft deze week een missie naar de kerncentrale gestuurd, uit vrees dat een escalatie een kernramp in de stijl van Chornobyl op het Europese continent zou kunnen veroorzaken.
Zowel Rusland als Oekraïne hebben gezegd dat de situatie ernstig is en dat het gevaar voor een kernramp groot is. Oekraïne en het Westen hebben gezegd dat Rusland de plaats gebruikt als basis voor zware wapens, in een poging Oekraïne ervan te weerhouden erop te schieten.
De Russische minister van Defensie, Sergei Shoigu, ontkende vrijdag dat Rusland zware wapens op of in de buurt van de centrale had en beschuldigde Oekraïne van het plegen van "nucleair terrorisme" door zijn aanvallen op de installatie.
Een vertegenwoordiger van het door Rusland geïnstalleerde regime in het bezette Zaporizja zei dat de situatie bij de centrale zaterdagochtend rustig was.
