Museveni zei niet hoeveel soldaten gedood of gewond waren, maar het was de eerste officiële erkenning van verliezen bij de aanval onder de Oegandese troepen die dienen in de Overgangsmissie van de Afrikaanse Unie in Somalië (ATMIS).
"Condoleances voor het land en de families van degenen die zijn omgekomen," zei Museveni in een verklaring, eraan toevoegend dat het leger van het land een panel heeft ingesteld om te onderzoeken wat er is gebeurd.
Al Shabaab vecht sinds 2006 om de door het Westen gesteunde regering van Somalië omver te werpen en haar eigen heerschappij te vestigen, gebaseerd op een strikte interpretatie van de Islamitische wet.
Museveni zei tijdens de aanval "dat sommige soldaten daar niet presteerden zoals verwacht en in paniek raakten, waardoor ze gedesorganiseerd raakten en Al Shabaab daarvan profiteerde om de basis onder de voet te lopen en een deel van de uitrusting te vernietigen."
De aanvallers waren met ongeveer 800 en tijdens de aanval werden de Oegandese troepen gedwongen om zich terug te trekken naar een nabijgelegen basis, ongeveer negen kilometer verderop, zei hij.
Strijders van Al Shabaab richtten zich vrijdag vroeg op de basis in Bulamarer, 130 km ten zuidwesten van de hoofdstad Mogadishu.
Al Shabaab zei toen in een verklaring dat het zelfmoordbomaanslagen had uitgevoerd en 137 soldaten op de basis had gedood.
Er was geen onmiddellijke officiële bevestiging van de slachtoffers. Al Shabaab heeft de neiging om bij aanslagen andere aantallen slachtoffers te geven dan de autoriteiten.
ATMIS heeft tot nu toe niet gezegd hoeveel soldaten gedood of gewond zijn bij de aanval.
De vredesmissie is sinds 2007 in Somalië en helpt de centrale regering van Somalië te verdedigen tegen de islamisten.
