Het nieuws van het verbod kwam vrijdag, via een video die geplaatst was door de gouverneur van de regio, Anton Alikhanov.
Op de sanctielijst van de EU staan met name steenkool, metalen, bouwmaterialen en geavanceerde technologie, en Alikhanov zei dat het verbod betrekking zou hebben op ongeveer 50% van de artikelen die Kaliningrad importeert.
De onmiddellijke ingang werd bevestigd door de vrachtafdeling van de Litouwse staatsspoorwegen in een brief aan de klanten, na "verduidelijking" van de Europese Commissie over het mechanisme voor de toepassing van de sancties.
Alikhanov drong er bij de burgers op aan geen paniekaankopen te doen en zei dat twee schepen reeds goederen tussen Kaliningrad en Sint-Petersburg overvaren en dat er tegen het einde van het jaar nog zeven schepen in de vaart zullen zijn.
"Onze veerboten zullen alle vracht verwerken", zei hij op zaterdag.
Een woordvoerder van de Litouwse spoorwegdienst bevestigde de inhoud van de brief, maar weigerde verder commentaar te geven. Het ministerie van Buitenlandse Zaken heeft niet gereageerd op een verzoek van Reuters om commentaar.
De Litouwse onderminister van Buitenlandse Zaken Mantas Adomenas zei tegen de publieke omroep dat zijn instelling wachtte op "opheldering van de Europese Commissie over het toepassen van Europese sancties op de doorvoer van vracht uit Kaliningrad".
Kaliningrad, dat ingeklemd ligt tussen de EU- en NAVO-leden Polen en Litouwen, wordt van Rusland bevoorraad via spoor- en gaspijpleidingen door Litouwen.
De enclave, waar het hoofdkwartier van Ruslands Oostzeevloot is gevestigd, werd in april 1945 door het Rode Leger veroverd op nazi-Duitsland en na de Tweede Wereldoorlog aan de Sovjet-Unie afgestaan.
