De hoofdrechter verwierp een aanklacht van zeven aanklachten wegens terrorisme tegen Kanu en ontsloeg hem, met als argument dat een lagere rechtbank niet bevoegd was om de zaak te berechten en dat Kanu was ontvoerd en uitgeleverd aan Nigeria.
De twee andere rechters sloten zich aan bij de uitspraak.
Kanu was niet in de rechtszaal aanwezig bij de uitspraak.
"Aangezien de rechtbank niet bevoegd is om deze zaak te behandelen omdat de uitlevering van Kanu van Kenia aan Nigeria onwettig was omdat de procedure niet naar behoren is gevolgd, slaagt dit beroep", aldus de hoofdrechter, rechter Oludotun Adefope Okojie.
"Bijgevolg wordt de rekwirant ontslagen," zei zij.
Het Hooggerechtshof van Nigeria had in april bepaald dat Kanu terecht moest staan.
Kanu leidt de Indigenous People of Biafra (IPOB), die campagne voert voor de afscheiding van een deel van het zuidoosten van Nigeria waar de meerderheid behoort tot de etnische groep Igbo. De Nigeriaanse autoriteiten hebben IPOB bestempeld als een terroristische organisatie.
Een woordvoerder van de procureur-generaal van Nigeria zei dat de regering haar juridische opties na de uitspraak van donderdag in overweging nam, maar zei dat de aanklachten waarmee Kanu werd geconfronteerd voordat hij in april 2017 op borgtocht verdween "geldige kwesties blijven voor gerechtelijke vaststelling".
Kanu ontkende de beschuldigingen van terrorisme en het bewust verspreiden van onwaarheden, die verband houden met berichten in de sociale media die hij tussen 2018 en vorig jaar publiceerde.
Zijn advocaten voerden aan dat hij geen eerlijk proces kon krijgen omdat hij met geweld werd uitgeleverd door Kenia aan Nigeria. Kenia heeft geweigerd te zeggen of het een rol heeft gespeeld bij de terugkeer van Kanu.
