De opmerkingen komen nadat het bestuur van de Taliban Pakistan de schuld heeft gegeven van luchtaanvallen waarbij volgens functionarissen tientallen doden zijn gevallen in de provincies Kunar en Khost.
Pakistan, dat geen enkele betrokkenheid bij de luchtaanvallen binnen de grenzen van Afghanistan heeft bevestigd, zei dat de twee landen "broederlijke landen" zijn.
"Wij worden geconfronteerd met problemen en uitdagingen van zowel de wereld als onze buren, het duidelijke voorbeeld is de invasie door hen op ons grondgebied in Kunar," zei Mullah Mohammad Yaqoob, waarnemend Afghaans minister van defensie, tijdens een ceremonie in Kaboel ter herdenking van de verjaardag van de dood van zijn vader, Taliban-oprichter Mullah Mohammad Omar.
"Wij kunnen de invasie niet tolereren. Wij hebben die aanval getolereerd. We hebben dat getolereerd vanwege nationale belangen, de volgende keer zullen we het misschien niet meer tolereren," zei hij.
De woordvoerder van het Pakistaanse ministerie van Buitenlandse Zaken zei, toen hem om commentaar op de opmerkingen van Yaqoob werd gevraagd, dat Pakistan hoopte op een langdurig engagement met Afghanistan om de vrede veilig te stellen.
"Pakistan en Afghanistan zijn broederlijke landen. De regeringen en de bevolking van beide landen beschouwen terrorisme als een ernstige bedreiging en hebben lange tijd onder deze plaag geleden ... daarom is het belangrijk dat onze twee landen op een zinvolle manier via de relevante institutionele kanalen samenwerken om grensoverschrijdend terrorisme tegen te gaan en acties te ondernemen tegen terroristische groeperingen op hun grondgebied," zei de woordvoerder.
Het ministerie van Buitenlandse Zaken van de Taliban-regering heeft vorige week de ambassadeur van Pakistan erbij geroepen om te protesteren tegen de aanvallen. Plaatselijke functionarissen zeiden dat de aanvallen door Pakistaanse militaire helikopters 36 mensen het leven hebben gekost.
Het hoofd van het kinderagentschap van de Verenigde Naties in Afghanistan zei dat er op 16 april 20 kinderen gedood zijn bij luchtaanvallen in Khost en Kunar.
Sedert de Taliban in augustus Afghanistan hebben overgenomen, zijn er talrijke impasses geweest langs de 2.600 km lange grens met Pakistan - getrokken door de Britse koloniale heersers en betwist door Kaboel.
Steeds meer gefrustreerd door de voortdurende aanvallen van militanten, heeft het Pakistaanse leger de laatste maanden de operaties langs de Afghaanse grens opgevoerd.
