Een van de buurlanden van Syrië had ook een rol, zei hij. Hij noemde het land niet, maar leek te doelen op Turkije, dat anti-Assad rebellen heeft gesteund.
De omverwerping van Assad wordt algemeen gezien als een grote klap voor de door Iran geleide politieke en militaire alliantie "Verzetsas" die zich verzet tegen de Israëlische en Amerikaanse invloed in het Midden-Oosten.
"Wat er in Syrië is gebeurd, was voornamelijk gepland in de commandokamers van Amerika en Israël. We hebben daar bewijzen voor. Een naburige regering van Syrië was er ook bij betrokken," zei Khamenei in een toespraak waarover de Iraanse staatsmedia verslag deden.
Het buurland had een "duidelijke rol en blijft die spelen," zei hij.
NAVO-lid Turkije, dat na verschillende grensoverschrijdende invallen tegen de Syrische Koerdische YPG-militie de controle heeft over grote stukken land in het noorden van Syrië, is sinds het uitbreken van de burgeroorlog in 2011 een van de belangrijkste steunpilaren van oppositiegroepen die Assad ten val willen brengen.
Iran heeft tijdens de oorlog miljarden dollars uitgegeven om Assad te steunen en heeft zijn Revolutionaire Garde naar Syrië gestuurd om zijn bondgenoot aan de macht te houden.
Uren na de val van Assad zei Iran te verwachten dat de betrekkingen met Damascus zouden worden voortgezet op basis van de "vooruitziende en wijze aanpak" van de twee landen en riep op tot de oprichting van een inclusieve regering die alle segmenten van de Syrische samenleving vertegenwoordigt.
In zijn toespraak zei Khamenei ook dat de door Iran geleide alliantie in de hele regio aan kracht zou winnen.
"Hoe meer druk jullie uitoefenen, hoe sterker het verzet wordt. Hoe meer misdaden jullie begaan, hoe vastberadener het wordt. Hoe meer jullie ertegen vechten, hoe meer het zich uitbreidt, zei Khamenei.
"Iran is sterk en machtig - en zal nog sterker worden," zei hij.