Oxford Nanopore Technologies plc heeft een samenwerking aangekondigd met 10x Genomics, om een gestroomlijnde workflow mogelijk te maken voor het sequencen van volledige transcripten in single reads op zeer toegankelijke Oxford Nanopore apparaten. Dit zal gebruikers de mogelijkheid bieden om eigenschappen zoals fusiegenen of transcripten met repetitieve regio's te overbruggen, waardoor overvloedige, kosteneffectieve single-cell en ruimtelijke sequencing gegevens worden geproduceerd. De samenwerking omvat de toevoeging van Oxford Nanopore's PromethION apparaten en geselecteerde verbruiksgoederen, in combinatie met monstervoorbereiding op de 10x Genomics apparaten, aan het 10x Genomics Compatible Partner Program (CPP).

Daarnaast heeft Oxford Nanopore ook een nieuw openlijk beschikbaar end-to-end nanopore-only single-cell protocol uitgebracht. Beide partijen geloven dat dit een gestroomlijnde klantervaring mogelijk zal maken en het overtuigende nut van nanopore-gebaseerde sequencing in combinatie met 10x Genomics workflows zal benadrukken. De analyse van genomische en transcriptomische heterogeniteit op het niveau van één cel heeft nieuwe inzichten opgeleverd in vele onderzoeksgebieden, waaronder kankeronderzoek, celbiologie, embryonale ontwikkeling en immunologie.

Het gebruik van traditionele shortread-sequencingtechnologie kan echter bepaalde soorten informatie, zoals isovorm-specifieke transcriptovervloed, onzichtbaar maken voor onderzoekers. Daarnaast schetst de 10x Genomics App Note hoe gegevens over het aanroepen van cellen en clustering uit het sequencen van lange fragmenten vergelijkbaar is met short reads, en bij verdere analyse van gegevens uit het sequencen van lange fragmenten was het mogelijk om nauwkeurig isovormen te identificeren die differentieel tot expressie komen tussen celtypes. Nanopore sequencing reads lossen deze uitdagingen op, en maken end-to-end sequencing van transcripten over de gehele lengte in enkele reads mogelijk, die kenmerken zoals fusiegenen of transcripten met repeterende gebieden omvatten.

Door de kracht van 10x Genomics' single-cell en spatial assays te combineren met nanopore sequencing, hebben onderzoekers een krachtig nieuw instrument om unieke verschillen te zien in isovormexpressie, alternatieve splicing, cellulaire subtypes, immuunreceptor profilering, ruimtelijke transcriptomics en andere opkomende toepassingen. De Oxford Nanopore producten die in de 10x Genomics CPP zijn opgenomen, omvatten PromethION apparaten, flowcellen en kits. Naast deze producten, die compatibel zijn met 10x Genomics assays, betekent een nieuw openlijk beschikbaar nanopore-only protocol dat klanten geen langdurige of complexe sequencing workflows hoeven te gebruiken om isovorm informatie te zien, wat twee of drie dagen kan duren met andere traditionele sequencing methoden, en zelfs sommige nieuwere benaderingen.

Met Oxford Nanopore kunnen gebruikers van 10x Genomics nu eenvoudig een nieuwe dimensie aan hun gegevens toevoegen met behulp van de snelste en meest kosteneffectieve full-length transcript sequencing aanpak. Omdat single-cell en ruimtelijke analyses ongelooflijk data-intensief en complex kunnen zijn, zijn ze bij uitstek geschikt voor Oxford Nanopore's PromethION Flow Cells en devices, die in staat zijn tot de hoogste niveaus van sequencing throughput. Een typisch single-cell atlas project is vergelijkbaar met een populatie genomics studie in orde van grootte van data, waar een volledig transcriptoom wordt geproduceerd voor elke individuele cel in een monster.

Oxford Nanopore zal nu de hoogste throughput full-length sequencing optie aanbieden voor single-cell sequencing met meer dan 80 miljoen full-length cell-assigned reads per PromethION Flow Cell. In een voortdurende missie om de toegankelijkheid van menselijke genomica te verbeteren, kondigde Oxford Nanopore gisteren de uitrol aan van haar PromethION 2 (P2) Solo sequencer, 's werelds meest toegankelijke, high-yield sequencing apparaat met het potentieel om de toegang tot nauwkeurige, snelle en betaalbare sequencing voor menselijke genetica en andere grotere datasets sterk uit te breiden. Met een startpakket vanaf 10.455 USD is het P2 Solo apparaat de enige kleine, high-yield sequencer op de markt, en dit zal iedereen in staat stellen om verder te gaan dan basis DNA-analyse door meer uitgebreide analyse te integreren.

De P2 Solo kan twee high-yield PromethION Flow Cells onafhankelijk laten werken, die bij uitstek geschikt zijn voor single-cell en ruimtelijke transcriptomics. Nu, met Oxford Nanopore, hebben onderzoekers die 10x Genomics gebruiken de mogelijkheid om hun single-cell en ruimtelijke experimenten te stroomlijnen, door sample prep en sequencing uit te voeren, zonder te hoeven wachten. Oxford Nanopore biedt ook een PromethION 24 en PromethION 48, die beide in staat zijn tot een veel hogere orde van grootte in doorvoer en kunnen worden ingezet voor grotere single-cell atlas projecten.

De apparaten van Oxford Nanopore maken gebruik van zeer nauwkeurige nanopore-sequencing van native reads met een willekeurige lengte om de resolutie van de resultaten te verbeteren, waardoor de markt voor genomica wordt opengebroken doordat iedereen, waar dan ook, binnen enkele uren in plaats van dagen of weken kan beschikken over hoogrenderende genoomsequencinggegevens.