Illumina, Inc. heeft een nieuwe onderzoekstest aangekondigd voor de identificatie van genitale pathogenen en antimicrobiële resistentie. Het Illumina Urinary Pathogen Infectious Disease/Antimicrobial Resistance (ID/AMR) Panel (UPIP) past precisie metagenomics toe voor het detecteren en kwantificeren van pathogenen, waaronder pathogenen die resistent zijn tegen geneesmiddelen en gecompliceerde en terugkerende urineweginfecties (UTI's) veroorzaken. Infecties van de urinewegen behoren tot de meest voorkomende gemeenschaps- en gezondheidszorginfecties, en de toenemende geneesmiddelenresistentie veroorzaakt een toenemende morbiditeit en mortaliteit.

Deze aankondiging komt na de lancering in oktober van twee onderzoekstesten die surveillance van risicovolle virussen mogelijk maken, als onderdeel van Illumina's vastberaden inzet om de wereldwijde paraatheid voor epidemische en pandemische uitbraken te ondersteunen. In minder dan 48 uur detecteert en kwantificeert UPIP, een op next-generation sequencing (NGS) gebaseerd panel, meer dan 170 organismen die urogenitale infecties kunnen veroorzaken en meer dan 3700 AMR-markers die verband houden met 18 verschillende geneesmiddelenklassen. In combinatie met het gebruik van Explify®, een volledig geautomatiseerd gegevensanalyseplatform, levert deze workflow een uitgebreid infectieprofiel op van bacteriële, schimmel-, virale en parasitaire microben.

In de Verenigde Staten zijn UTI's een van de meest voorkomende infecties in de gemeenschap en bij gehospitaliseerde patiënten; ze zijn goed voor gemiddeld 10 miljoen kantoorbezoeken en 1 miljoen ziekenhuisopnames per jaar. De prevalentie van geneesmiddelenresistentie bij ziekteveroorzakende micro-organismen (uropathogenen) neemt toe, en antibioticabehandeling voor een acute infectie of profylaxe voorkomt vaak geen terugkerende infecties. UPIP identificeert ook meer dan 20 seksueel overdraagbare ziekteverwekkers en hun respectieve antimicrobiële profiel.

De huidige testmethoden vereisen een kweek van het urinemonster als eerste detectielijn voor UTI's en soa's, maar veel organismen groeien niet in een kweek en blijven onopgemerkt. UPIP detecteert en kwantificeert veel voorkomende en onderkende, maar cruciale uropathogenen zonder dat een kweek nodig is. UPIP kan ook langzaam groeiende en anaerobe bacteriën identificeren die in verband worden gebracht met UTI's en die doorgaans worden gemist bij traditionele detectiemethoden.

Precisiemetagenomics kan de tijd om kritieke informatie over microben te leren terugbrengen van weken tot uren. UPIP is het tweede precisie metagenomics panel op het Illumina Explify® platform. Het volgt het op NGS gebaseerde Respiratory Pathogen ID/AMR Panel (RPIP) dat in juni 2020 werd gelanceerd in samenwerking met IDbyDNA.

RPIP richt zich op meer dan 280 respiratoire pathogenen, waaronder SARS-CoV-2, influenza, respiratoir syncytieel virus, bacteriën, schimmels en meer dan 2000 AMR-markers. Beide pathogenpanels bieden een kweekvrije, flexibele en schaalbare workflow in minder dan 48 uur, en vormen een snelle, kosteneffectieve oplossing voor het opsporen van luchtweg- en urineweginfecties in klinische onderzoeksomgevingen. Naast het gebruik voor klinisch onderzoek kunnen zowel RPIP als UPIP ook waardevolle inzichten opleveren voor de volksgezondheid en het toezicht, doordat ze worden gebruikt om respiratoire en urogenitale pathogenen en AMR-markers te controleren in afvalwater- en milieumonsters.

Volksgezondheidsprofessionals maken steeds vaker gebruik van genomica voor de surveillance van epidemieën en pandemieën. NGS is een flexibelere, snellere en uitgebreidere aanpak gebleken dan traditionele methoden om ziekteverwekkers te beoordelen. Het biedt een universele, kweekvrije methode voor infectieziekten karakterisering en surveillance.

Illumina is toegewijd aan de ondersteuning van de paraatheid voor en de reactie op toekomstige grootschalige uitbraken en het voorkomen van pandemieën. In oktober lanceerde het het Viral Surveillance Panel (VSP), dat whole-genome sequencing en karakterisering biedt van 66 virussen, waaronder SARS-CoV-2, influenza, RSV, monkeypox en poliovirus, die een hoog risico vormen voor de volksgezondheid. Het ontwerp van VSP stelt onderzoekers en volksgezondheidswetenschappers in staat om meerdere risicovirussen (zowel DNA als RNA) proactief te controleren, met behulp van verschillende soorten monsters, waaronder afvalwater, milieu en post-klinische.

Tegelijkertijd met VSP lanceerde Illumina het Pan-Coronavirus Panel (Pan-CoV), waarmee 203 bekende coronavirussen en meer dan 370 stammen van dierlijke en nauw verwante nieuwe coronavirussen kunnen worden gedetecteerd en gans genoom sequencing. Met dit panel kunnen onderzoekers op het gebied van volksgezondheid en zoönosen virussen opsporen en karakteriseren die zich kunnen verplaatsen van wilde dieren en huisdieren naar menselijke populaties.