De Nikkei sloot op 28.246,53, slechts 0,04% hoger, na een rally tot 28.389,75 minder dan een uur voor de bel, een niveau niet meer gezien sinds 18 januari.
De Nikkei was in de vier weken tot woensdag bijna 10% gestegen, waardoor beleggers zich afvroegen wat de volgende stap zou zijn.
Ondertussen eindigde de bredere Topix 0,05% lager op 1.969,05.
"Technisch gezien lijkt de recente rally van de Nikkei verhit en een correctie op elk moment zou niet ongebruikelijk zijn, maar op dit moment krijgen de aandelen steun van de sterke daling van de yen", aldus Maki Sawada, strateeg bij Nomura Securities.
Fabrikanten van auto's en motorfietsen zijn in opstand gekomen door de snelle daling van de yen tot een dieptepunt van twee decennia. De munt zakte donderdag voor het eerst sinds februari 2002 naar 134,56 per dollar, als gevolg van de toenemende spread tussen Amerikaanse en Japanse langetermijnrendementen.
Yamaha leidde met een winst van 3,19%, terwijl Mitsubishi Motors 2,75% toevoegde en Subaru 2,13% steeg. Toyota won 0,4%.
Energie was veruit de best presterende sector van de Nikkei, met een stijging van 2,27%, te midden van een stijging van de prijzen voor ruwe olie. Inpex steeg 3,26%.
Uniqlo-winkelketen Fast Retailing steeg 1,94%, na plannen om de prijzen te verhogen om de stijgende kosten te compenseren.
Startup-investeerder SoftBank Group eindigde 1,73% hoger doordat aandelen van een van zijn topinvesteringen, Alibaba, woensdag samen met andere Chinese technologienamen stegen.
Van de 225 aandelen die de Nikkei telt, stegen er 113 tegenover 101 die daalden en 11 bleven gelijk.
Fabrikanten van chipapparatuur bleven achter, na een daling van 2,39% vannacht voor de Philadelphia SE Semiconductor Index. Tokyo Electron daalde met 2,19% en Advantest verloor 2,5%.
Shippers tuimelden op de onzekere wereldwijde economische vooruitzichten, met Kawasaki Kisen als grootste daler op de Nikkei, die 11,13% daalde. Mitsui O.S.K. Lines daalde met 7,74% en Nippon Yusen daalde met 6,99%.
Elektronicamaker Sharp kelderde 5,71% na een winstdaling van een derde te hebben voorspeld. (Verslaggeving door Tokio Market Team; Bewerking door Uttaresh.V en Shailesh Kuber)
